Как проводят электрофорез нуклеиновых кислот в агарозном геле

Агароза — полимер галактозы, который в природе можно получить из морских водорослей. Сухую агарозу растворяют в буфере при нагревании (~60°с), добавляют краситель и заливают в форму (tray), куда предварительно установлена гребенка для формирования лунок (comb). После застывания гель переносят в форезную камеру и заливают его электропроводящим буфером. В лунки, расположенные на одинаковом расстоянии от электродов, вносят раствор ДНК в специальном буфере нанесения. Включают ток.

С течением времени молекулы ДНК все лучше разделяются в геле, при этом быстрее идут меньшие фрагменты ДНК.

После окончания процедуры гель освещают светом того диапазона, который включает в себя длину волны возбуждения красителя; полученное изображение фотографируют. Каждая полоса на геле соответствует группе молекул ДНК одинакового размера (одинаковой длины).

Для определения приблизительного размера каждой группы молекул в одну из лунок вносят так называемый маркер — смесь фрагментов ДНК известной длины. Затем строят калибровочную кривую, где по оси абсцисс — величина пробега данной молекулы маркера в мм, а по оси ординат — десятичный логарифм ее длины в Кб. Зная величину пробега данной группы молекул, по калибровочному графику можно определить их длину.

В зависимости от выбранной процентности агарозы статистический размер ячеек геля будет различным, отличаться будет и картина разделения одной и той же смеси ДНК в гелях разной процентности. Процентность агарозы подбирают, исходя из задач конкретного эксперимента.